La metagenómica es el estudio del material genético recuperado directamente de muestras ambientales. La identificación precisa de las especies es un reto importante y puede realizarse mediante dos enfoques complementarios: la secuenciación del genoma entero (WG-Seq) y la secuenciación de amplicones 16S, 18S o ITS.
La última es una aproximación rentable para estudiar un gran número de muestras, aunque se limita a un gen específico, mientras que la estrategia WG-Seq puede aplicarse a un menor número de muestras, pero funciona bien para todos los organismos que se encuentran en la misma muestra, procariotas y eucariotas.
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