La secuenciación dirigida es un enfoque altamente dirigido que permite el análisis de la variación genética en regiones genómicas específicas, utilizando paneles de genes prediseñados, paneles de genes personalizados o secuenciación de amplicones.

Las aplicaciones potenciales son el descubrimiento de mutaciones raras en muestras complejas (como muestras de tumores altamente heterogéneas) o la secuenciación del gen 16S rRNA bacteriano en múltiples especies, un método ampliamente utilizado para los estudios de filogenia y taxonomía.

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