El método Sanger se basa en sintetizar secuencialmente una cadena de ADN complementaria a una única cadena (utilizada como plantilla), en presencia de ADN polimerasa, los cuatro 2′-desoxinucleótidos que forman la secuencia de ADN (dATP, dGTP, dCTP y dTTP) y cuatro didesoxinucleótidos.
El uso de primeros específicos para genes conocidos puede detectar distintos polimorfismos en la secuencia.
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