La secuenciación de ARN es un método sensible y preciso para determinar la secuencia primaria y la abundancia relativa de todas las moléculas de ARN. Proporciona información específica de la cadena que permite asignar transcripciones a la cadena de ADN correspondiente.

Las aplicaciones más habituales son la expresión génica diferencial, la expresión génica específica de alelo, las transcripciones de fusión, el montaje de nuevo del transcriptoma y la anotación del genoma y la identificación de variantes de un solo nucleótido.

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